Zoals in alles zijn er naast voordelen aan biomassa energie projecten ook nadelen. Zo kan een project echt duurzaam worden opgezet, echter zijn er ook minder duurzame varianten.

Helaas zijn er ook biomassa energie projecten die minder duurzaam gaan opereren om zodoende een hogere winst te behalen. Kadervorming door overheden zou hiervoor de nodige bescherming kunnen bieden.